ถึงแม้อาการปวดข้อในผู้ป่วยโรคเอส แอล อี พบได้ประมาณร้อยละ 80 ของผู้ป่วย แต่ก็มีผู้ป่วยจำนวนหนึ่งที่ไม่มีอาการปวดข้อมาก่อน  อาการปวดข้อที่เกิดขึ้นอาจเกิดจากโรค เอส แอล อี ที่กำเริบขึ้น ด้วยสาเหตุต่าง ๆ เช่น โดนแสงแดด ตรากตรำทำงานหนัก เครียด ขาดการพักผ่อน หรือมีภาวะติดเชื้อแทรกซ้อน ทำให้โรคกำเริบขึ้น แล้วในขณะที่โรคกำเริบขึ้นก็อาจมีอาการปวดข้อเพิ่มขึ้นมาได้  นอกจากนี้ยังอาจเกิดจากการติดเชื้อในข้อที่ปวดหรืออักเสบ เนื่องจากผู้ป่วยโรค เอส แอล อี มีภูมิคุ้มกันที่ผิดปกติอยู่แล้วประกอบกับอาจจะได้รับยากดภูมิคุ้มกัน และยาสเตียรอยด์ทำให้ง่ายต่อการติดเชื้อต่าง ๆ ทั้งเชื้อแบคทีเรีย ไวรัส หรือแม้กระทั่งเชื้อรา อาการปวดข้อโดยเฉพาะข้อสะโพกหรือข้อเข่า  อาจเกิดจากภาวะหัวกระดูกยุบจากตัวโรค เอส แอล อี เองหรือจากการได้รับยาสเตียรอยด์ขนาดสูง ๆ เป็นระยะเวลานาน หรือเกิดจากภาวะข้อเสื่อมก็ได้ ดังนั้นถ้าผู้ป่วยโรค เอส แอล อี เริ่มมีอาการปวดข้อ หรือมีข้ออักเสบเกิดขึ้นควรรีบไปพบแพทย์ โดยเฉพาะแพทย์ที่ดูแลหรือให้การรักษาท่านอยู่  ไม่ควรรอจนถึงวันนัด