1. พวกที่เป็นภายนอก เช่น ผิวหนัง ข้อ มีการพยากรณ์โรคดีมาก ถ้าได้รับการรักษาและปฏิบัติตัวตามคำแนะนำของแพทย์ จะมีโอกาสที่โรคสงบไปได้นานเกิน 20 ปี และมีชีวิตยืนยาวเช่นเดียวกับคนธรรมดา

     2. พวกที่มีพยาธิสภาพเกิดกับอวัยวะภายใน เช่น ไต สมอง ถ้าได้รับการรักษาในระยะแรกที่มีพยาธิสภาพไม่มาก ยังไม่มีการทำลายของเซลล์ในอวัยวะมาก มีการพยากรณ์โรคที่ดีตามสมควร โดยอาจรักษาให้อยู่ในระยะสงบได้นาน ๆ

     ถ้าตรวจพบในระยะเป็นมาก มีพยาธิสภาพมาก  มีการทำลายเซลล์ไปมาก โรคจะดำเนินไปอย่างรุนแรงและรวดเร็ว ซึ่งมักพบในผู้ป่วยที่มาหาแพทย์ช้าไป  หรือปฏิบัติบัตวไม่เต็มที่ตามคำแนะนำของแพทย์ หรือส่วนน้อยเป็นอาการโรคเองที่มีลักษณะรุนแรงตั้งแต่เกิดขึ้น (มีจำนวนน้อยไม่ถึง 1%) การพยากรณ์โรคจะไม่ดี แต่สามารถรักษาให้ดีขึ้นโดยมีคุณภาพชีวิตที่ดีกว่าเดิม อย่างไรก็ตาม โรคมักจะเรื้อรัง เป็น ๆ หาย ๆ

     3. SLE ที่เกิดกับระบบเลือด ถ้าไม่มีพยาธิสภาพภายในร่วมด้วย  การพยากรณ์โรคจะอยู่ในเกณฑ์ดี หรือปานกลาง ขึ้นกับว่าภาวะแทรกซ้อนทางเลือดจะสนองตอบต่อการรักษาเพียงไร  อย่างไรก็ตาม ถ้าได้รับการรักษาตั้งแต่ระยะเริ่มแรกจะมีการพยากรณ์โรคดีกว่าระยะหลัง  บางรายโรคจะสงบไปได้ และไม่กำเริบอีกเลย