การพยากรณ์โรคของผู้ป่วยโรค เอส แอล อี แต่ละรายแตกต่างกันขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรค การรักษาที่ได้รับว่าถูกต้องหรือไม่  ตลอดจนการปฏิบัติตัวของผู้ป่วย ความต่อเนื่องและความสม่ำเสมอของการไปติดตามการรักษา  ในปัจจุบัน การพยากรณ์โรคของผู้ป่วยโรค เอส แอล อี ดีขึ้นมาก เนื่องจากมีความก้าวหน้าในทางการแพทย์ทำให้การรักษาโรค เอส แอล อี มีประสิทธิภาพมากขึ้น มีการป้องกันภาวะแทรกซ้อนที่ดีขึ้น มียารักษาภาวะแทรกซ้อน เช่น ยาปฏิชีวนะรักษาโรคติดเชื้อที่ดีขึ้น ทำให้ผู้ป่วยโรค เอส แอล อี มีโอกาสอยู่รอดได้มากขึ้นมาก  และอยู่อย่างมีคุณภาพมากขึ้น