การรักษาโรค เอส แอล อี จะต้องอาศัยความเข้าใจเกี่ยวกับตัวโรคของผู้ป่วย  การปฏิบัติตัวอย่างถูกต้องของผู้ป่วย และการดูแลอย่างใกล้ชิดของแพทย์ผู้ทำการรักษา  การเลือกวิธีการรักษาโรค เอส แอล อี ขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรคของผู้ป่วยแต่ละราย  ถ้าผู้ป่วยมีอาการไม่รุนแรง การใช้ยาแก้ปวด เช่น ยาพาราเซตามอล หรือ แอสไพริน หรือยาลดการอักเสบชนิดไม่ใช่สเตียรอยด์  ก็ควบคุมอาการได้ สำหรับผู้ป่วยที่มีอาการรุนแรงแรงขึ้น อาจต้องใช้ยาสเตียรอยด์เช่น ยาเพรดนิโซโลน ในขนาดต่าง ๆ ตามความเหมาะสมตั้งแต่ขนาดต่ำถึงสูง เป็นระยะเวลาต่าง ๆ เป็นสัปดาห์จนเป็นหลายเดือนขึ้นกับความรุนแรงและระบบอวัยวะที่มีอาการอักเสบ บางรายที่มีการอักเสบของอวัยวะสำคัญ เช่น ไต หรือระบบประสาท อาจจำเป็นต้องใช้ยากดภูมิคุ้มกัน เช่น ยาอิมูแรนหรือเอ็นด๊อกแซน  อาจเป็นในรูปยารับประทาน หรือการให้ยาทางน้ำเกลือเป็นระยะ บางรายถึงกับต้องใช้การเปลี่ยนถ่ายน้ำเหลืองร่วมด้วย  ขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรคในผู้ป่วยแต่ละราย การเลือกใช้ชนิดของการรักษาด้วยขนาดที่เหมาะสมในจังหวะที่ถูกต้องกับความรุนแรงของโรค  เป็นกุญแจสำคัญที่จะทำให้การรักษาได้ผลดี