โรคลูปัสเป็นโรคเรื้อรังที่มีการดำเนินโรคไม่แน่นอน โดยอาจดีขึ้นหรือทรุดลงสลับกันไป  ความรุนแรงของโรคอาจเล็กน้อยหรือเป็นมากจนเสียชีวิตได้ ความอยู่รอดของผู้ป่วยขึ้นอยู่กับว่ามีอาการของอวัยวะระบบใดเข้ามาเกี่ยวข้อง  ยังไม่มีการตรวจพบที่จะใช้บ่งชี้ได้ชัดเจนว่าผู้ป่วยรายใดจะมีอาการของระบบใดและโรคจะกำเริบขึ้นเมื่อใด  อย่างไรก็ดีมีปัจจัยหลายประการที่เรารู้ว่าอาจเป็นตัวกระตุ้นให้โรคกำเริบได้ เช่น แสงแดด ความเครียด การพักผ่อนไม่เพียงพอ การติดเชื้อ และการไม่ได้รับประทานยาหรือการหยุดยาเร็วเกินไป  เป็นต้น ซึ่งถ้าสามารถหลีกเลี่ยงการกำเริบของโรคได้ก็จะช่วยลดความเสี่ยงต่อการเกิดอาการในอวัยวะสำคัญ  ซึ่งจะมีผลอย่างมากต่ออัตราการอยู่รอด นอกจากนี้โรคนี้ยังมีโอกาสสงบเองได้ ในช่วงที่โรคสงบผู้ป่วยอาจไม่มีอาการเลย  หรือมีอาการเพียงเล็กน้อย เช่นมีอาการฝืดตึงตามข้อในตอนเช้า เจ็บหน้าอก หรือยังมีผลการตรวจทางห้องปฏิบัติการที่ผิดปกติ  เช่น จำนวนเม็ดเลือดขาวต่ำ ESR สูงหรือตรวจพบ ANA เป็นต้น อาการสงบของโรคอาจอยู่ได้เป็นปีโดยไม่ต้องได้รับการรักษา  ผู้ป่วยที่โรคสงบได้เองพบได้ประมาณร้อยละ 2-10