ความรุนแรงของโรคในแต่ละคนไม่เท่ากัน บางคนเป็นผื่นขึ้นทายานิดหน่อยอาการก็สงบแล้ว บางคนเป็นรุนแรงมากขึ้น มีอวัยวะสำคัญ ๆ อักเสบ เช่น ไต ถึงสมองอักเสบก็จะมีอาการชัก ถ้าเป็นระบบเลือดก็อาจมีเม็ดเลือดขาวต่ำลง เกล็ดเลือดต่ำลงได้
ด้วยอาการของโรคที่หลากหลายฉะนั้นการรักษาจึงต้องพิจารณาให้เหมาะสมกับคนไข้แต่ละคนเท่านั้น ไม่มีแบบแผนที่แน่นอนตายตัว ตัวโรค เอส แอล อี เอง ถ้าแม้บางครั้งอาการจะรุนแรง แต่โดยทั่วไปสามารถรักษาให้อาการสงบลงได้ ในกรณีที่ผู้ป่วยระวังรักษาตัวไม่ดี อาจมีปัญหายุ่งยากในการรักษาแต่ถ้าเราเข้าใจธรรมชาติของโรค เอส แอล อี จะทราบว่าโดยทั่วไปตัวโรคจะรุนแรงในช่วงเริ่มเป็นสองปีแรก ถ้าสามารถรักษาให้ผ่านพ้นช่วงนี้ไปได้อาการก็มักจะสงบลง ยกเว้นที่มีภาวะแทรกซ้อนเกิดขึ้น เช่น ภาวะติดเชื้อซึ่งเป็นปัญหาสำคัญ ทำให้ตัวโรคเป็นมากขึ้นหรือรักษาลำบากขึ้น เพราะมลภาวะและการรักษาความสะอาดในบ้านเรายังไม่ดีนัก ประกอบกับคนที่เป็นโรคนี้อัตราเสี่ยงของการติดเชื้อจะสูงกว่าคนปกติ เพราะตัวโรคเองทำให้มีภูมิคุ้มกันที่ผิดปกติ และคนไข้เหล่านี้จะต้องใช้ยากดภูมิคุ้มกัน เพื่อรักษาตัวโรคอีกด้วย ฉะนั้นคนที่เป็นโรคนี้จึงติดเชื้อโรคง่ายกว่าคนปกติ