ในการรักษาโรค เอส แอล อี ทั้งผู้ป่วยและแพทย์จะต้องมีความเข้าใจที่ถูกต้องดังต่อไปนี้
1. ควรเข้าใจลักษณะของโรค ต้องเข้าใจก่อนว่าโรค เอส แอล อี เป็นโรคเรื้อรัง การดำเนินของโรคจะเป็นไปเรื่อย ๆ โดยอาจมีการทุเลาหรือกำเริบขึ้นได้เป็นระยะตลอดเวลา หรือกำเริบรุนแรงจนทำให้เสียชีวิตได้
2. พยาธิสภาพการเกิดโรคหรือสาเหตุที่ทำให้เกิดโรคยังไม่ทราบแน่ชัด
3. ผลของการรักษา และความอยู่รอดของผู้ป่วยขึ้นอยู่กับว่ามีอวัยวะใดบ้างที่เกี่ยวข้องหรือมีการอักเสบ ความรุนแรงของโรค ความรวดเร็วในการประเมิน ความรุนแรงและการได้รับการรักษาที่ถูกต้องนอกจากนี้ยังขึ้นอยู่กับการติดตามดูแลผู้ป่วยอย่างใกล้ชิดของแพทย์ และความต่อเนื่องและสม่ำเสมอของการได้รับการรักษาของผู้ป่วย โดยเฉพาะในช่วง 2 ปีแรก ปัจจุบันมีวิธีการตรวจพบโรคตั้งแต่ระยะแรก ๆ มีวิธีการรักษาที่ได้ผลดีมากหลายวิธีให้เลือกใช้ มียาปฏิชีวนะดี ๆที่สามารถควบคุมภาวะแทรกซ้อนจากการติดเชื้อของผู้ป่วยได้ดีกว่าสมัยก่อน ทำให้ความอยู่รอดของผู้ป่วย เอส แอล อีในปัจจุบันดีกว่าสมัยก่อนมาก
4. สาเหตุการเสียชีวิตของผู้ป่วย เอส แอล อี เกิดได้จาก 3 สาเหตุคือ
4.1 จากตัวโรคเอง เช่น การอักเสบของไต สมอง หลอดเลือด ตลอดจนการแตกของเม็ดเลือดแดง
4.2 จากภาวะติดเชื้อ กลไกพื้นฐานของโรค เอส แอล อี คือมีการเปลี่ยนแปลงในระบบภูมิคุ้มกัน ประกอบกับผู้ป่วยได้รับยาต่าง ๆ เพื่อลดการอักเสบและกดภูมิคุ้มกันของร่างกายลง ทำให้มีโอกาสติดเชื้อง่ายกว่าบุคคลทั่วไป
4.3 จากยาหรือวิธีการรักษา การรักษาโรค เอส แอล อี ขึ้นอยู่กับอาการว่าเป็นมาก เป็นน้อย ในผู้ป่วยบางรายใช้แค่ยาแก้ปวดแอสไพริน หรือ ยาลดอาการอักเสบชนิดไม่ใช่สเตียรอยด์ก็ควบคุมอาการได้ สำหรับผู้ป่วยที่มีอาการรุนแรงขึ้น แพทย์ต้องใช้ยาสเตียรอยด์เช่นยาเพร็ดนิโซโลน(prednisolone)ตั้งแต่ขนาดต่ำจนถึงขนาดสูงติดต่อกันเป็นเวลานานเป็นสัปดาห์หรือเป็นหลายเดือน ขึ้นอยู่กับความรุนแรงและระบบอวัยวะที่มีการอักเสบ ในบางรายที่มีการอักเสบของอวัยวะสำคัญ เช่น ไต อาจจำเป็นต้องใช้ยาที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น แต่มีผลข้างเคียงมากขึ้น เช่น ยาที่ใช้รักษาโรคมะเร็งบางชนิด แต่ให้เป็นครั้ง ๆ ในขนาดที่เหมาะสม หรือในบางรายอาจจำเป็นต้องใช้วิธีการเปลี่ยนถ่ายเลือดมาร่วมในการรักษาด้วย ทั้งนี้แล้วแต่ความรุนแรงของโรค และระบบอวัยวะที่มีการอักเสบ
สิ่งสำคัญในการรักษาโรค เอส แอล อี ขึ้นอยู่กับ การเลือกใช้ยาที่ถูกต้อง
ทั้งชนิด ขนาด และจังหวะการให้ยาตามจังหวะของโรค แต่สิ่งที่สำคัญที่สุด คือ การปฏิบัติตัวที่ดีของผู้ป่วย
การมารับการตรวจรักษาสม่ำเสมอตามนัดและปฏิบัติตามคำแนะนำของแพทย์และพยาบาลอย่างเคร่งครัด