อาการทั่วไป ผู้ป่วยมักจะมีไข้ อ่อนเพลีย เบื่ออาหาร ปวดศรีษะ ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อ  ปวดตามข้อ จิตใจหดหู่

 อาการทางผิวหนัง  ผู้ป่วยจะมีผื่นเกิดที่บริเวณใบหน้า ตั้งแต่บริเวณสันจมูกไปที่บริเวณโหนกแก้มทั้ง 2 ข้าง เป็นรูปคล้ายผีเสื้อ (butterfly rash) หรือที่เรียกว่า Malar rash นอกจากนี้ผู้ป่วยมักจะมีผื่นขึ้นหรือมีอาการคันเฉพาะบริเวณที่ถูกแสงแดด (photosensitivity) หรือมีผื่นเป็นวง ๆ เป็นแผลเป็นตามหน้า และหลังศรีษะหรือใบหู (discoid lupus) หรือมีอาการปลายมือปลายเท้าขาว ซีดเขียว เวลาโดนความเย็นผู้ป่วยบางรายจะมีแผลในปาก  โดยเฉพาะบริเวณเพดานปากเป็น ๆ หาย ๆ

 ผม อาการผมร่วงเป็นอาการที่พบบ่อยในขณะที่โรคเป็นรุนแรง

 อาการทางข้อและกล้ามเนื้อ  ผู้ป่วยเอส แอล อี ส่วนใหญ่จะมีอาการปวดข้อ อาจจะเป็นข้อนิ้วมือ ข้อไหล่ ข้อเข่า หรือข้อเท้า อาจมีอาการบวมแดงร้อนร่วมด้วย อาจทำให้ข้อบิดเบี้ยวผิดรูปร่างได้ แต่จะไม่ถึงกับทำลายข้อ  ดังเช่นในโรคข้ออักเสบรูห์มาตอยด์ นอกจากนี้อาจมีอาการปวด หรืออักเสบของกล้ามเนื้อและเส้นเอ็นร่วมด้วย

 อาการทางไต ไต เป็นอวัยวะหนึ่งที่มีการอักเสบได้บ่อยในผู้ป่วย เอส แอล อี ผู้ป่วยที่มีไตอักเสบ จะมีอาการบวมบริเวณเท้า 2 ข้าง หน้า หนังตา หรือบวมทั้งตัว  เราพบว่าผู้ป่วยเหล่านี้จะมีไข่ขาวรั่วออกมาในปัสสาวะจำนวนมาก รายที่มีอาการรุนแรงขึ้นจะมีความดันโลหิตสูงขึ้น  มีปัสสาวะออกน้อยลง หรือมีปัสสาวะเป็นสีน้ำล้างเนื้อ ในรายที่เป็นรุนแรงมากอาจถึงขั้นมีไตวายได้  อาการทางไตเป็นอาการสำคัญที่บอกว่าโรคค่อนข้างเป็นรุนแรง

 อาการทางระบบประสาท  เมื่อผู้ป่วย เอส แอล อี มีการอักเสบของสมอง บางรายมีอาการชัก บางรายมีอาการพูดเพ้อเจ้อ  เอะอะโวยวาย คลุ้มคลั่งคล้ายคนโรคจิต จำญาติพี่น้องไม่ได้ บางรายมีการอักเสบของเส้นประสาทเฉพาะที่ร่วมด้วยได้

 อาการทางระบบโลหิต  บางครั้งมีการทำลายเม็ดเลือดแดง เม็ดเลือดขาว หรือเกร็ดเลือดทำให้มีอาการโลหิตจาง  ซีด อ่อนเพลีย เหนื่อยง่าย หน้ามืดจะเป็นลม หรือมีเม็ดเลือดขาวต่ำลง หรือเลือดออกง่ายได้

 อาการทางหัวใจและหลอดเลือด  เมื่อมีการอักเสบของเยื่อหุ้มหัวใจ หรือกล้ามเนื้อหัวใจผู้ป่วยจะมีอาการเจ็บหน้าอก  ใจสั่น เหนื่อยง่าย นอนราบไม่ได้ บางครั้งมีจังหวะการเต้น ของหัวใจผิดปรกติถ้ามีการอักเสบของเส้นเลือดที่ไปเลี้ยงอวัยวะต่าง ๆ จะมีอาการของ การขาดเลือดของอวัยวะนั้น ๆ เกิดขึ้นได้ นอกจากนี้ผู้ป่วย เอส แอล อี บางราย อาจมีภาวะเลือด แข็งตัวง่าย ทำให้มีการอุดตันของหลอดเลือดดำหรือหลอดเลือดแดง  ตามอวัยวะต่าง ๆ

 อาการทางระบบเดินอาหาร  ผู้ป่วยอาจมีอาการปวดท้อง คลื่นไส้ อาเจียน กลืนลำบาก การดูดซึมสารอาหารจากลำไส้ผิดปกติ  บางครั้งมีตับอ่อนอักเสบร่วมด้วยได้

ผู้ป่วยด้วยโรค เอส แอล อี แต่ละคนไม่จำเป็นต้องมีอาการครบทุกระบบ หรือมีอาการรุนแรงเสมอไป  ความรุนแรงของอาการขึ้นอยู่กับระบบอวัยวะที่ผู้ป่วยมีอาการร่วมด้วย บางคนเป็นน้อย  มีแต่ ไข้ ปวดข้อ มีผื่นขึ้น บางคนมีอาการรุนแรง มีชัก คลุ้มคลั่ง ไตวาย หรือปอดอักเสบรุนแรงจนมีเลือดออกในปอดได้  อาการของโรคจะแสดงความรุนแรง แต่บางครั้งอาการก็สงบลงได้เอง